实验室自成立以来，获得2018年度国家自然科学二等奖（EMT-MET的细胞命运调控）和2013年度国家自然科学二等奖（干细胞多能性与重编程机理研究），广东省科学技术奖一等奖6项、二等奖2项，广州市科学技术奖一等奖2项；“干细胞多能性与重编程机理研究集体”获得中国科学院杰出科技成就奖，“干细胞多能性与重编程机理研究团队”获得南粤创新奖。
| 获奖年份 | 成果名称 | 奖励类别 | 奖励等级 |
|---|---|---|---|
| 2020 | 线粒体信号调控细胞命运研究 | 广东省自然科学奖 | 一等奖 |
| 2019 | 人源化小鼠及其临床前评估平台的建立及应用 | 广东省科技进步奖 | 二等奖 |
| 2019 | 尿液诱导多能干细胞技术及体细胞重编程机制 | 广东省自然科学奖 | 一等奖 |
| 2018 | 基于转录因子和小分子调控细胞命运转换 | 广东省自然科学奖 | 二等奖 |
| 2018 | 病人特异性功能干细胞获取及致病基因精准修复 | 广东省自然科学奖 | 一等奖 |
| 2018 | EMT-MET的细胞命运调控 | 国家自然科学奖 | 二等奖 |
| 2017 | 干细胞多能性与重编程机理研究集体 | 中国科学院杰出科技成就奖 | 集体奖 |
| 2016 | 干细胞多能性与重编程机理研究团队 | 南粤创新奖 | 集体奖 |
| 2015 | 猪基因突变技术创新及基因修饰猪模型的建立 | 广东省科学技术奖 | 一等奖 |
| 2014 | 大动物基因修饰技术研究及基因修饰动物模型的建立 | 广州市科学技术奖 | 一等奖 |
