实验室自成立以来，获得2018年度国家自然科学二等奖（EMT-MET的细胞命运调控）和2013年度国家自然科学二等奖（干细胞多能性与重编程机理研究），广东省科学技术奖一等奖6项、二等奖2项，广州市科学技术奖一等奖2项；“干细胞多能性与重编程机理研究集体”获得中国科学院杰出科技成就奖，“干细胞多能性与重编程机理研究团队”获得南粤创新奖。
| 获奖年份 | 成果名称 | 奖励类别 | 奖励等级 |
|---|---|---|---|
| 2014 | iPS细胞诱导中的间质-上皮转化过程（MET）研究 | 广东省科学技术奖 | 一等奖 |
| 2013 | iPS细胞诱导中的间质-上皮转化过程（MET）研究 | 广州市科学技术奖 | 一等奖 |
| 2013 | 干细胞多能性与重编程机理研究 | 国家自然科学奖 | 二等奖 |
| 2009 | 诱导多能干细胞机理与技术研究 | 广东省科学技术奖 | 一等奖 |
